Le climat est tropical, chaud et humide dans l'ensemble avec des nuances saisonnières et géographiques qu'imposent l'extension du pays en latitude, le relief et l'alternance des saisons.

Il pleut de 900 à 1300 millimètres d'eau par an, les régions les plus arrosées sont dans l'angle sud-est, de Cotonou à Porto Novo, l'Atacora entre Natitingou et Djougou, les régions de Dassa et de Ndali au nord de Parakou. Les maximums des précipitations sont au sud (climat équatorial), de la mi-mars à la mi-juillet, et plus faiblement en novembre et décembre.

La mousson, océanique et chargée d'humidité, souffle d'avril à novembre, du sud-ouest. L'harmattan continental et sec, souffle dans le sens inverse de la mousson (vient du nord, du Sahel), de novembre à mai, apportant une poussière ocre orange.

Le taux d'humidité, toujours important, se situe entre 65 et 95%. La moyenne des températures reste comprise entre 22 et 34 °C, avril et mai étant les mois les plus chauds (juste après que l'Harmattan a soufflé durant 6 mois, avant que la mousson n'apporte ses pluies).