Nicéphore Soglo rétablit le vaudou pour se concilier les pouvoirs traditionnels et fait du 10 janvier de chaque année la Journée nationale du vaudou. Cependant les ajustements structurels et la compression des dépenses publiques recommandées par le FMI viennent raviver le mécontentement général de la population. De plus, les trafics clandestins traditionnels s'épanouissent au grand jour (whisky, essence, ciment, voitures…) Après avoir perdu sa majorité au sein de l'Assemblée législative, le président Nicéphore Soglo, accusé de népotisme par ses adversaires, est battu par Mathieu Kérékou à la présidentielle du 17 mars 1996. C'est un choc pour Nicéphore Soglo qui après avoir crié au complot, envoie ses félicitations à Mathieu Kérékou et s'en va méditer plus de quatre mois, hors d'Afrique, les raisons de ses erreurs fatales.
Démocratiquement, Mathieu Kérékou est de retour sur la scène politique béninoise, après avoir dirigé le pays pendant dix-sept années (de 1972 à 1990) dans le fiasco politique et économique de la désormais ancienne République populaire du Bénin. Les élections législatives de mars 1999 donnent de justesse la victoire à la Renaissance du Bénin (RB), le mouvement de l'opposition dirigé par Rosine Soglo, épouse de l'ancien président Nicéphore Soglo. Ces élections marquent l'échec du Mouvement Africain pour la Démocratie Et le Progrès (MADEP), le Parti d'un des proches du Président Kérékou, l'homme d'affaires Séfou Fagbohoun.
Cependant, en mars 2001, Mathieu Kérékou est réélu président de la République avec 84,06% des voix. Arrivé en tête au premier tour, face à son prédécesseur Nicéphore Soglo, il sera confronté au désistement de ce dernier ainsi qu'à celui d'Adrien Houngbédji arrivé en troisième position. Ces deux candidats démissionnaires ont qualifié le scrutin de « mascarade ». Terni par des soupçons de fraudes électorales et âgé de soixante-sept ans, Mathieu Kérékou entame donc un second mandat consécutif dans des conditions économiques fragiles.
L'espoir Boni Yayi
Depuis 2001, le Bénin est plongé dans de graves difficultés économiques, en raison de la situation difficile du Port autonome de Cotonou, du choc pétrolier, de la crise du secteur du coton, de la contrebande très étendue, des effectifs pléthoriques de l'administration ou encore des sérieux problèmes d'approvisionnement en électricité créés par les sécheresses. Le Bénin est dans une période économique difficile que seule l'agriculture, très diversifiée parvient à maintenir compétitif face à ses voisins. C'est ainsi que lors des élections de mars 2006, les Béninois ont décidé d'exprimer leur « ras-le bol » et que le novice en politique, l'ancien président de la Banque ouest-africaine de développement (BOAD), le docteur Yayi Boni succède à la surprise générale à Mathieu Kérékou avec 75 % des suffrages (notons un taux de participation fort de 76 %).Mathieu Kérékou qui a refusé de changer la Constitution n'a pas pu se représenter. Il n'en était pas moins opposé à Yayi Boni, trop novice à son goût. En effet, à quelques jours des résultats l'ancien président, surnommé le caméléon, a plongé le pays dans le doute, en affirmant publiquement que lors du déroulement de l'élection : il y avait eu des dysfonctionnements dans l'organisation, avec des problèmes de listes électorales et de cartes d'électeur. Malgré cela, la coordination des observateurs internationaux indépendants s'est félicitée au cours d'une conférence de presse à Cotonou, du déroulement du second tour de l'élection présidentielle au Bénin, jugeant qu'il avait été de « très bonne tenue ».
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